Préjudice écologique et expertise judiciaire : caractériser le dommage né et à naître
CA Lyon, 25 février 2026, Association Patrimoine Environnement et autres, RG n° 25/2811
C’est une victoire au long cours, et pourtant tout ne fait que commencer. Au terme d’un combat judiciaire de plus de quatre ans, la cour d’appel de Lyon a ordonné une expertise judiciaire civile environnementale dans le cadre d’un projet de construction de centre commercial dont les travaux menacent l’équilibre du système hydrogéologique local et des habitats associés.
Zone humide en pays de Gex et habitats associés.
Cette décision, et le combat judiciaire qu’elle parachève, illustre l’intérêt stratégique de l’expertise judiciaire pour documenter le préjudice écologique, qu’il soit avéré ou futur, tout en mettant en lumière les obstacles procéduraux que les défenseurs de l’environnement peuvent anticiper.
Depuis la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016, les articles 1246 à 1252 du code civil consacrent un régime de responsabilité civile spécifique au préjudice écologique. L’article 1247 le définit comme « une atteinte non négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes ou aux bénéfices collectifs tirés par l’homme de l’environnement ».
Ce régime présente plusieurs particularités qui justifient le recours à l’outil de l’expertise judiciaire afin d’affermir la preuve de la réalité du préjudice, autant que celle de son origine et des solutions réparatoires qu’elle implique.
La première particularité tient à la nature même du préjudice écologique qui, par essence, relève d’un débat technique. L’atteinte aux écosystèmes peut certes avoir des implications visibles, mais sa compréhension, autant que l’analyse de ses conséquences, requiert très souvent des investigations scientifiques poussées que seul un expert peut mener. C’est ce qu’a retenu la cour d’appel dans notre affaire, en soulignant « le caractère technique des éléments de fait dont dépendent la solution de l’éventuel litige », étant ici question des perturbations portées par des travaux préparatoires sur un hydrosystème karstique.
La seconde particularité est que le préjudice écologique peut être à la fois avéré et futur. L’article 1246 du code civil ouvre la voie à la réparation du dommage constaté, tandis que l’article 1252 permet au juge d’ordonner « les mesures raisonnables propres à prévenir ou faire cesser le dommage ». L’expertise judiciaire est alors doublement utile : elle permet de constater les atteintes déjà réalisées et d’évaluer le caractère certain des atteintes futures, condition indispensable à leur indemnisation.
L’expertise susceptible d’être sollicitée relève des outils d’instruction du droit civil, à savoir ici l’article 145 du code de procédure civile, qui dispose que « s’il existe un motif légitime de conserver ou d’établir avant tout procès la preuve de faits dont pourrait dépendre la solution d’un litige, les mesures d’instruction légalement admissibles peuvent être ordonnées à la demande de tout intéressé, sur requête ou en référé. »
Le standard probatoire de l’article 145 est volontairement souple, ce qui est aujourd’hui acquis depuis que la Cour de cassation a été amenée à le confirmer à l’occasion de notre demande (C. Cass. Civ. 3e, 13 février 2025, 22-22.393). De la sorte, lorsqu’un préjudice susceptible de répondre à la définition qu’en donne le code civil est constaté voire redouté, la mesure d’expertise se présente comme une solution intéressante, parfois cruciale, pour révéler toute la teneur et toute la portée des dommages dénoncés.
L’occasion est donc donnée d’exposer, au prisme de cette affaire, les tenants et aboutissants de l’expertise environnementale dans le droit de la réparation du préjudice écologique, outil encore peu mobilisé mais revêtant dans certains cas un réel potentiel d’optimisation des dossiers portés par les défenseurs de l’environnement.
I. La demande d’expertise judiciaire environnementale
Le contexte : un projet commercial sur un site hydrogéologique sensible
Le projet querellé, baptisé « OPEN », consiste en la construction d’un vaste centre commercial dans le Pays de Gex. Le site est implanté dans un contexte hydrogéologique particulièrement sensible : concrètement, il se situe sur le sillon aquifère de l’Allondon, rivière transfrontalière avec la Suisse, doté de nappes sub-affleurantes et d’une zone humide abritant des espèces protégées en bordure immédiate du périmètre des travaux.
Dès le début du chantier, des perturbations étonnantes ont été constatées, sans que les corrélations puissent relever de causalités établies : l’assèchement d’une source immédiatement voisine, la remise en charge d’anciens drains agricoles inactifs depuis des décennies, l’ennoyage immédiat des tranchées de terrassement nécessitant l’installation de pompes, et le rejet d’eaux d’exhaure polluées dans la zone humide adjacente. Un avis d’hydrogéologue, établi le 22 mars 2021, a apporté un début d’explication : ce document expliquait que l’emprise du chantier couvre plus de la moitié de la section d’écoulement des eaux souterraines du sillon aquifère, et la réalisation d’un parking semi-enterré implique des pompages de rabattement susceptibles de tarir les sources et d’assécher les zones humides. L’étude a également mis en évidence un « effet barrage » du parking fondé dans la nappe, avec élévation des eaux en amont et abaissement en aval.
« Motif légitime » n’est pas « bien-fondé »
Fort de ces éléments, les associations ont saisi le juge des référés du tribunal judiciaire de Bourg-en-Bresse d’une demande d’expertise sur le fondement de l’article 145 du code de procédure civile.
Toutefois, par ordonnance du 9 novembre 2021, le premier juge a rejeté la demande, estimant que le préjudice allégué était hypothétique et relevant qu’il serait regrettable qu’une expertise soit diligentée au vu du ralentissement des travaux qu’elle entraînerait.
La cour d’appel de Lyon a confirmé ce rejet par arrêt du 24 août 2022, non pas sur la même motivation qui n’avait pas manqué d’atterrer les requérants, mais en retenant cette fois-ci que les associations ne démontraient pas la réalité d’un dommage effectif.
La Cour de cassation, par un arrêt du 13 février 2025, a censuré cet arrêt.
Elle a rappelé, par une motivation brève et redoutablement efficace, un principe cardinal de l’expertise judiciaire, à savoir que le juge des référés saisi sur le fondement de l’article 145 ne peut pas subordonner l’octroi de la mesure d’expertise à la preuve du bien-fondé de l’action envisagée. Et pour cause, le « motif légitime » suppose seulement l’existence d’un litige potentiel, plausible, dont la résolution pourrait dépendre des constatations de l’expert.
La preuve que le préjudice écologique existe réellement (et qu’il est « non négligeable » au sens de l’article 1247 du code civil) relève précisément de ce que l’expertise doit permettre d’établir.
Cet arrêt de cassation, dont le droit civil classique ne retirera pas de grand enseignement pour évident qu’il soit, constitue un apport jurisprudentiel considérable pour le contentieux environnemental, puisqu’en réaffirmant ce principe dans cette sphère juridique particulière, il signifie concrètement qu’il suffit, pour obtenir une expertise, de démontrer que des éléments factuels rendent plausible l’existence d’un préjudice écologique, sans avoir à le prouver de manière certaine.
C’est bien toute la logique du référé probatoire et il est heureux qu’elle soit ici réitérée : on ne demande pas au demandeur de prouver ce qu’il n’a pas encore les moyens de prouver.
La prescription de la mesure d’expertise
Statuant sur renvoi, la cour d’appel de Lyon a cette fois accueilli la demande d’expertise en reconnaissant l’existence d’un motif légitime tant sur le volet hydrogéologique que sur le volet faunistique.
S’agissant des dommages hydrogéologiques, la cour a retenu que le contexte hydrogéologique du site, comprenant des nappes subaffleurantes, conjugué aux constats d’huissier (assèchement de source, ennoyage des tranchées), aux photographies (remise en charge de drains, affaissement de tombes au cimetière voisin) et à l’avis du bureau d’études HGE, présentait « les caractéristiques d’un éventuel préjudice écologique, entendu comme une atteinte non-négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes ».
La cour a relevé que ces perturbations constituaient un motif légitime à voir ordonner une mesure d’instruction concernant l’impact hydrogéologique du projet.
S’agissant des dommages faunistiques, la cour a adopté un raisonnement particulièrement intéressant : si le risque d’assèchement de la zone humide n’était pas directement documenté par les pièces produites, la cour a jugé que ce risque et ses incidences sur les espèces protégées étaient « intrinsèquement liés aux dommages hydrogéologiques ci-avant retenus tels qu’explicités par l’avis du cabinet HGE ». Les incidences sur la biodiversité du Marais constituaient dès lors un « préjudice écologique suffisamment probable », justifiant l’extension de l’expertise au volet faunistique.
Ce raisonnement par connexité des dommages hydrogéologiques et faunistiques reconnaît ainsi le caractère potentiellement systémique du préjudice écologique, où une perturbation hydrologique peut entraîner des conséquences en cascade sur la biodiversité.
II. La mission d’expertise ordonnée
La mission d’expertise confiée par la cour est remarquablement bien rédigée et constitue sans nul doute un modèle intéressant pour les praticiens du droit de l’environnement. L’expert se voit en effet notamment chargé de déterminer s’il existe une atteinte non négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes, tant sur le plan hydrogéologique que faunistique.
La mission couvre ainsi à la fois le préjudice avéré et le préjudice futur : l’expert doit décrire les atteintes constatées et, si elles sont futures, en préciser le caractère certain ; il doit également proposer des remèdes et des mesures de réparation en nature, en tenant compte des mesures déjà intervenues, et évaluer les préjudices subis par les associations requérantes.
La portée pratique de cette mission s’en trouve enrichie. Le rapport d’expertise sera ainsi susceptible de servir de base à une éventuelle action au fond sur le fondement des articles 1246 et suivants du code civil, mais pas seulement : il pourra également révéler, le cas échéant, des éléments techniques de nature à justifier la saisine des autorités administratives pour obtenir une régularisation du projet, par exemple une demande de dérogation « espèces protégées » si l’expertise met en évidence des atteintes non anticipées à des espèces protégées. En ce sens, l’expertise judiciaire civile et le contentieux administratif environnemental ne sont pas cloisonnés dans la mesure où les constatations de l’expert, bien que réalisées dans un cadre civil, peuvent avoir des répercussions administratives majeures.
En définitive, l’arrêt rendu par la cour d’appel de Lyon le 25 février 2026 confirme que l’expertise judiciaire constitue un outil indispensable pour documenter les atteintes environnementales, et offre une feuille de route claire pour les acteurs de la protection de l’environnement lorsqu’ils font face à un préjudice écologique né ou à naître : constater, documenter,et lorsque l’enjeu le rend nécessaire, expertiser, le cas échéant par la voie judiciaire.